Podczas planowania nasadzeń w ogrodzie wiele osób skupia się na wyborze odmian i jakości gleby, a pomija kwestie rozmieszczenia drzew. Tymczasem układ sadu wpływa na dostęp światła, cyrkulację powietrza oraz łatwość prowadzenia zabiegów ochronnych. Błędy popełnione na etapie sadzenia trudno później naprawić bez przesadzania roślin. Dlatego warto już na początku przemyśleć, które gatunki połączyć, a które rozdzielić odpowiednią odległością.
Wiele gatunków dobrze znosi swoje towarzystwo. Jabłoń i śliwa mają podobne wymagania glebowe, a ich korzenie rozwijają się na różnych głębokościach. Dzięki temu nie konkurują silnie o wodę oraz składniki odżywcze, co sprzyja stabilnemu owocowaniu. Śliwę warto sadzić od słonecznej strony, aby zapewnić jej lepsze warunki wzrostu. Korzystne jest również sadzenie różnych odmian tego samego gatunku. W pobliżu jabłoni czy czereśni dobrze umieścić inną odmianę, aby mogły się wzajemnie zapylać. Wiśnie, śliwy i czereśnie także dobrze rosną obok siebie, ponieważ mają zbliżone wymagania siedliskowe. Ciekawym rozwiązaniem jest połączenie czereśni z morwą, której owoce przyciągają ptaki i mogą zmniejszyć straty w plonach czereśni.
Planowanie nasadzeń powinno uwzględniać także terminy dojrzewania owoców oraz leczenia chorób. Jabłonie i grusze wymagają innych zabiegów ochronnych niż wiśnie i czereśnie. W przypadku jabłoni oraz grusz najczęściej wykonuje się opryski przeciw parchowi i zarazie ogniowej, a także zwalcza szkodniki takie jak owocówka jabłkóweczka. Wiśnie i czereśnie częściej wymagają ochrony przed drobną plamistością liści, brunatną zgnilizną oraz nasionnicą trześniówką. Sadzenie tych grup drzew oddzielnie ułatwia prowadzenie oprysków oraz ogranicza ryzyko przenoszenia chorób.
Przestrzeń pod koronami drzew warto dobrze wykorzystać. Niektóre rośliny naturalnie poprawiają kondycję sadu i zmniejszają potrzebę stosowania chemicznych środków ochrony. Czosnek oraz cebula wydzielają intensywny zapach, który odstrasza część szkodników. Czosnek może dodatkowo ograniczać rozwój niektórych chorób grzybowych w pobliżu drzew owocowych. Pomocny jest także mniszek lekarski, który przyciąga owady zapylające wspiera przyswajanie składników mineralnych z gleby. Piołun może natomiast ograniczać obecność mrówek i mszyc, a chrzan bywa stosowany jako naturalne wsparcie dla pestkowców.
Niektóre zestawienia niemal gwarantują problemy. Grzyb wywołujący rdzę gruszy do swojego rozwoju potrzebuje dwóch roślin, gruszy oraz jałowca. Oznacza to, że może rozwijać się naprzemiennie na obu tych gatunkach. Bliskie sąsiedztwo tych dwóch roślin znacząco zwiększa ryzyko infekcji i może prowadzić do osłabienia drzewa owocowego. Podobne ryzyko dotyczy gruszy oraz jarzębiny, które mogą być porażane przez bakterie wywołujące zarazę ogniową, co sprzyja rozprzestrzenianiu się choroby. Nie zaleca się także sadzenia jabłoni w bezpośrednim sąsiedztwie wiśni, ponieważ przy zbyt małej odległości oba gatunki mogą silnie konkurować o zasoby. Jabłonie nie powinny rosnąć blisko róż i kalin, które mogą być siedliskiem chorób. W przypadku orzecha włoskiego problemem jest juglon, substancja hamująca wzrost innych roślin. Sadzonki drzew owocowych powinny być oddalone od orzecha o 5 do 6 m, aby uniknąć zahamowania wzrostu.